Unidades de Investigación
Unidad de Genómica

Unidad de Genómica

Grupos PAIDI en la Unidad:

La Unidad de Genómica desarrolla estudios relacionados con el genoma del olivo y sus aplicaciones, concretamente las líneas principales de investigación son las siguientes:

  1. Genómica del olivo, con el objetivo principal de ensamblar genomas de variedades con alta precisión.
  2. Estudios sobre la variabilidad genética del olivo y su aplicabilidad, como la obtención de marcadores genéticos y su aplicación en la mejora genética del olivo.
  3. Análisis transcriptómicos aplicados a la respuesta a estreses, con especial atención a la resistencia/susceptibilidad a la verticilosis del olivo.
  4. Análisis transcriptómicos aplicados a procesos de desarrollo.

The Association of Rpb4 with RNA Polymerase II Depends on CTD Ser5P Phosphatase Rtr1 and Influences mRNA Decay in Saccharomyces cerevisiae

Garrido-Godino, A.I. and Cuevas-Bermúdez, A. and Gutiérrez-Santiago, F. and Mota-Trujillo, M.C. and Navarro, F.

International Journal of Molecular Sciences.  Volume 23, Issue 4, 2022 

DOI: 10.3390/ijms23042002

 

Tolerance of olive (Olea europaea L.) cv. Frantoio to Verticillium dahliae relies on both basal and pathogen-induced differential transcriptomic responses

María de la O Leyva-Pérez, Jaime Jiménez-Ruiz, Carmen Gómez-Lama Cabanás, Antonio Valverde-Corredor, Juan B Barroso, Francisco Luque, Jesús Mercado-Blanco 

New Phytologist. Volume 217, Issue2, January 2018, Pages 671-686

DOI: 10.1111/nph.14833

 

Transposon Activation is a Major Driver in the Genome Evolution of Cultivated Olive Trees (Olea europaea L.)

Jaime Jiménez-Ruiz, Jorge A. Ramírez-Tejero, Noé Fernández-Pozo, María de la O Leyva-Pérez, Haidong Yan, Raúl de la Rosa, Angjelina Belaj, Eva Montes, Mª Oliva Rodríguez-Ariza, Francisco Navarro, Juan Bautista Barroso, Carmen R. Beuzón, Victoriano Valpuesta, Aureliano Bombarely, Francisco Luque

The Plant Genome. Volume13, Issue1, March 2020, e20010

DOI: 10.1002/tpg2.20010

 

Several Isoforms for Each Subunit Shared by RNA Polymerases are Differentially Expressed in the Cultivated Olive Tree (Olea europaea L.)        

Fernández-Parras, I. and Ramírez-Tejero, J.A. and Luque, F. and Navarro, F.    

Frontiers in Molecular Biosciences. Volume 8, 2021

DOI: 10.3389/fmolb.2021.679292

 

Rpb4 and Puf3 imprint and post-transcriptionally control the stability of a common set of mRNAs in yeast

Garrido-Godino, A.I. and Gupta, I. and Gutiérrez-Santiago, F. and Martínez-Padilla, A.B. and Alekseenko, A. and Steinmetz, L.M. and Pérez-Ortín, J.E. and Pelechano, V. and Navarro, F.

RNA Biology. Volume 18, Issue 8, 2021, pages 1206-1220            

DOI: 10.1080/15476286.2020.1839229

 

Xrn1 influence on gene transcription results from the combination of general effects on elongating RNA pol II and gene-specific chromatin configuration           

Begley V., Jordán-Pla A., Peñate X., Garrido-Godino A.I., Challal D., Cuevas-Bermúdez A., Mitjavila A., Barucco M., Gutiérrez G., Singh A., Alepuz P., Navarro F., Libri D., Pérez-Ortín J.E. and Chávez S.    

RNA Biology. Volume 18, Issue 9, 2021, pages 1310-1323            

DOI: 10.1080/15476286.2020.1845504

 

Comparative analysis of genotyping by sequencing and whole-genome sequencing methods in diversity studies of olea europaea L.      

Friel J., Bombarely A., Fornell C.D., Luque F. and Fernández-Ocaña A.M.           

Plants. Volume 10, Issue 11, 2021

DOI: 10.3390/plants10112514

 

Epigenetics regulation of Verticillium dahliae virulence: Does DNA methylation level play a role?

Jorge A. Ramírez-Tejero, Carmen Gómez-Lama Cabanás, Antonio Valverde-Corredor, Jesús Mercado-Blanco and Francisco Luque

International Journal of  Molecular  Science. 2020, 21(15), 5197

DOI: 10.3390/ijms21155197

 

Verticillium wilt resistant and susceptible olive cultivars express a very different basal set of genes in roots

Jorge A. Ramírez-Tejero, Jaime Jiménez-Ruiz, Alicia Serrano, Angjelina Belaj, Lorenzo León, Raúl de la Rosa, Jesús Mercado-Blanco and Francisco Luque

BMC Genomics. 22, 229 (2021)

DOI: 10.1186/s12864-021-07545-x

 

Coupling the endophytic microbiome with the host transcriptome in olive roots

Antonio J. Fernández-González, Jorge A. Ramírez-Tejero, María Patricia Nevado-Berzosa, Francisco Luque, Manuel Fernández-López, Jesús Mercado-Blanco

Computational and Structural Biotechnology Journal. Volume 19, 2021, Pages 4777-4789

DOI: 10.1016/j.csbj.2021.08.035

 

Gene expression pattern in olive tree organs (Olea europaea L.)         

Ramírez-Tejero J.A., Jiménez-Ruiz J., Leyva-Pérez M.L.O., Barroso J.B. and Luque F.

Genes. Volume 11, Issue 5, 2020             

DOI: 10.3390/genes11050544

 

Genome wild analysis and molecular understanding of the aquaporin diversity in olive trees (Olea europaea L.)      

Faize M., Fumanal, B., Luque F., Ramírez-Tejero J.A., Zou Z., Qiao X., Faize L., Gousset-Dupont A., Roeckel-Drevet P., Label P. and Venisse, J.-S.

International Journal of Molecular Sciences. Volume 21, Issue 11,2020, pages 1-31

DOI: 10.3390/ijms21114183

 

Prefoldin-like Bud27 influences the transcription of ribosomal components and ribosome biogenesis in Saccharomyces cerevisiae         

Martínez-Fernández V., Cuevas-Bermúdez A., Gutiérrez-Santiago F., Garrido-Godino A.I., Rodríguez-Galán O.,  Jordán-Pla A., Lois S., Triviño J.C.,  De La Cruz J. and Navarro F.       

RNA. Volume 26, Issue 10, 2020, pages 1360-1379          

DOI: 10.1261/rna.075507.120

 

The transcriptome of Verticillium dahliae responds differentially depending on the disease susceptibility level of the olive (Olea europaea L.) cultivar            

Jiménez-Ruiz J., Leyva-Pérez M.O., Cabanás C.G.-L., Barroso J.B.,  Luque F. and Mercado-Blanco, J.

Genes. Volume 10, Issue 4, 2019             

DOI: 10.3390/genes10040251

 

De novo assembly of Agave sisalana transcriptome in response to drought stress provides insight into the tolerance mechanisms

Sarwar M.B., Ahmad Z., Rashid B., Hassan S., Gregersen P.L., Leyva M.D.O., Nagy I Asp T. and Husnain T.               

Scientific Reports. Volume 9, Issue 1, 2019         

DOI: 10.1038/s41598-018-35891-6

 

 

Genomic and transcriptomic approaches to the identification of key molecular markers and gene variants on phenol content and composition in olive

Entidad Financiadora: Concesión de ayudas a Proyecto de I+D+i en el marco de los programas estatales de generación de conocimiento y fortalecimiento científico y tecnológico del sistema de I+D+i y de I+D+i orientada a los retos de la sociedad. Convocatoria 2020.Ministerio de Ciencia e Innovación

Referencia: PID2020-115853RR-C33                

Investigador principal: Francisco Luque Vázquez

Año de inicio: 2021

Presupuesto: 160.000,00 €

 

Homeostasia del RNA en células eucariotas: control de la transcripción global durante el ciclo celular y papel de la Prefoldina-like BUD27

Entidad Financiadora: Concesión de ayudas a Proyecto de I+D+i en el marco de los programas estatales de generación de conocimiento y fortalecimiento científico y tecnológico del sistema de I+D+i y de I+D+i orientada a los retos de la sociedad. Convocatoria 2020.Ministerio de Ciencia e Innovación

Referencia: PID2020-112853GB-C33

Investigador principal: Francisco Navarro Gómez

Año de inicio: 2021

Presupuesto: 120.000,00 €

 

Contribución de la cochaperona prefoldin-like Bud27 a la formación de los complejos transcripcionales de la RNA polimerasa III, a su actividad transcripcional y a la composición proteica de la cromatina en Saccharomyces cerevisiae

Entidad Financiadora: Ayudas a la I+D+i, en el ámbito del Plan Andaluz de Investigación, Desarrollo e Innovación, PAIDI

Referencia: PY20_00792

Investigador principal: Francisco Navarro Gómez

Año de inicio: 2021

Presupuesto: 60.000,00 €

 

Influencia de la prefoldina-like URI/Bud27 en la expresión y en los niveles intracelulares de tRNA y su correlación con el cáncer

Entidad Financiadora: Junta de Andalucía-Universidad de Jaén (Proyecto FEDER-UJA)

Referencia: 1260360

Investigador principal: Francisco Navarro Gómez

Año de inicio: 2020

Presupuesto: 108.000,00 €

Secuenciación del genoma del olivo

Determinar e identificar todos los genes y sus posibles funciones

Comparación entre variedades

Identificación de genes con interés comercial 

Kit diagnóstico de la verticilosis

Miembros de la unidad

Francisco
Luque Vázquez
Responsable de la Unidad
Francisco
Navarro Gómez

Investigador

María de la O
Leyva-Pérez

Investigadora colaboradora externa 

Martín Moret Sánchez

investigador predoctoral

Martín
Moret Sánchez

Investigador

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Alicia Serrano Gómez

Investigadora posdoctoral

Alicia
Serrano Gómez

Investigadora

unidades de investigación

El INUO se estructura en Unidades de Investigación que agrupan a una amalgama de investigadores, que aunque puedan pertenecer a subáreas del conocimiento distintas, la denominación de cada Unidad se corresponde con las principales líneas de investigación características del Instituto y son las siquientes:

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