Research Units
Genomics and Breeding Unit

Francisco Luque Vázquez
Dirección: Edificio B3, despacho 346
- Phone:953212527
- Email:fjluque@ujaen.es
OliveTreeDB genomics website https://genomaolivar.dipujaen.es/db/index.php
OliveAtlas transcriptomics website https://www.oliveatlas.uma.es/easy_gdb/index.php
This unit develops studies related to the genome of the olive tree and its applications. Specifically, the main lines of research are:
- Olive tree genomics, with the main objective of assembling genomes of diverse varieties with high precision.
- Genetic variability of the olive tree and its applicability, such as obtaining genetic markers to achieve genetic improvements in the olive tree.
- Transcriptomic analysis applied to stress response, with special attention to resistance/susceptibility to verticillium wilt in olive trees.
- Transcriptomic analysis applied to development processes.
Identification of Genetic Markers and Genes Putatively Involved in Determining Olive Fruit Weight
Moret, M.; Ramírez-Tejero, J.A.; Serrano, A.; Ramírez-Yera, E.; Cueva-López, M.D.; Belaj, A.; León, L.; Rosa, R.d.l.; Bombarely, A.; Luque, F. (2023)
Plants, 12, 155
DOI: 10.3390/plants12010155
The Association of Rpb4 with RNA Polymerase II Depends on CTD Ser5P Phosphatase Rtr1 and Influences mRNA Decay in Saccharomyces cerevisiae
Garrido-Godino, A.I. and Cuevas-Bermúdez, A. and Gutiérrez-Santiago, F. and Mota-Trujillo, M.C. and Navarro, F.
International Journal of Molecular Sciences. Volume 23, Issue 4, 2022
DOI: 10.3390/ijms23042002
Biogenesis of RNA Polymerases in Yeast
Garrido-Godino, A. I., Gutiérrez-Santiago, F. and Navarro, F.
Frontiers in Molecular Biosciences (2021)
DOI: 10.3389/fmolb.2021.811413
Fernández-Parras, I. and Ramírez-Tejero, J.A. and Luque, F. and Navarro, F.
Frontiers in Molecular Biosciences. Volume 8, 2021
DOI: 10.3389/fmolb.2021.679292
Garrido-Godino, A.I. and Gupta, I. and Gutiérrez-Santiago, F. and Martínez-Padilla, A.B. and Alekseenko, A. and Steinmetz, L.M. and Pérez-Ortín, J.E. and Pelechano, V. and Navarro, F.
RNA Biology. Volume 18, Issue 8, 2021, pages 1206-1220
DOI: 10.1080/15476286.2020.1839229
Begley V., Jordán-Pla A., Peñate X., Garrido-Godino A.I., Challal D., Cuevas-Bermúdez A., Mitjavila A., Barucco M., Gutiérrez G., Singh A., Alepuz P., Navarro F., Libri D., Pérez-Ortín J.E. and Chávez S.
RNA Biology. Volume 18, Issue 9, 2021, pages 1310-1323
DOI: 10.1080/15476286.2020.1845504
Friel J., Bombarely A., Fornell C.D., Luque F. and Fernández-Ocaña A.M.
Plants. Volume 10, Issue 11, 2021
DOI: 10.3390/plants10112514
Jorge A. Ramírez-Tejero, Jaime Jiménez-Ruiz, Alicia Serrano, Angjelina Belaj, Lorenzo León, Raúl de la Rosa, Jesús Mercado-Blanco and Francisco Luque
BMC Genomics. 22, 229 (2021)
DOI: 10.1186/s12864-021-07545-x
Coupling the endophytic microbiome with the host transcriptome in olive roots
Antonio J. Fernández-González, Jorge A. Ramírez-Tejero, María Patricia Nevado-Berzosa, Francisco Luque, Manuel Fernández-López, Jesús Mercado-Blanco
Computational and Structural Biotechnology Journal. Volume 19, 2021, Pages 4777-4789
DOI: 10.1016/j.csbj.2021.08.035
Regulation of Eukaryotic RNAPs Activities by Phosphorylation
González-Jiménez A, Campos A, Navarro F, Clemente-Blanco A and Calvo O.
Frontiers in Molecular Biosciences (2021)
DOI: 10.3389/fmolb.2021.681865
Gene expression pattern in olive tree organs (Olea europaea L.)
Ramírez-Tejero J.A., Jiménez-Ruiz J., Leyva-Pérez M.L.O., Barroso J.B. and Luque F.
Genes. Volume 11, Issue 5, 2020
DOI: 10.3390/genes11050544
A Yeast Chromatin-enriched Fractions Purification Approach, yChEFs, from Saccharomyces cerevisiae
Cuevas-Bermúdez, A., Garrido-Godino, A. I., Gutiérrez-Santiago, F. and Navarro, F.
Bio-protocol 10(1): e3471 (2020)
DOI: 10.21769/BioProtoc.3471
Epigenetics regulation of Verticillium dahliae virulence: Does DNA methylation level play a role?
Jorge A. Ramírez-Tejero, Carmen Gómez-Lama Cabanás, Antonio Valverde-Corredor, Jesús Mercado-Blanco and Francisco Luque
International Journal of Molecular Science. 2020, 21(15), 5197
DOI: 10.3390/ijms21155197
Jaime Jiménez-Ruiz, Jorge A. Ramírez-Tejero, Noé Fernández-Pozo, María de la O Leyva-Pérez, Haidong Yan, Raúl de la Rosa, Angjelina Belaj, Eva Montes, Mª Oliva Rodríguez-Ariza, Francisco Navarro, Juan Bautista Barroso, Carmen R. Beuzón, Victoriano Valpuesta, Aureliano Bombarely, Francisco Luque
The Plant Genome. Volume13, Issue1, March 2020, e20010
DOI: 10.1002/tpg2.20010
Faize M., Fumanal, B., Luque F., Ramírez-Tejero J.A., Zou Z., Qiao X., Faize L., Gousset-Dupont A., Roeckel-Drevet P., Label P. and Venisse, J.-S.
International Journal of Molecular Sciences. Volume 21, Issue 11,2020, pages 1-31
DOI: 10.3390/ijms21114183
Martínez-Fernández V., Cuevas-Bermúdez A., Gutiérrez-Santiago F., Garrido-Godino A.I., Rodríguez-Galán O., Jordán-Pla A., Lois S., Triviño J.C., De La Cruz J. and Navarro F.
RNA. Volume 26, Issue 10, 2020, pages 1360-1379
DOI: 10.1261/rna.075507.120
Jiménez-Ruiz J., Leyva-Pérez M.O., Cabanás C.G.-L., Barroso J.B., Luque F. and Mercado-Blanco, J.
Genes. Volume 10, Issue 4, 2019
DOI: 10.3390/genes10040251
Sarwar M.B., Ahmad Z., Rashid B., Hassan S., Gregersen P.L., Leyva M.D.O., Nagy I Asp T. and Husnain T.
Scientific Reports. Volume 9, Issue 1, 2019
DOI: 10.1038/s41598-018-35891-6
The mRNA degradation factor Xrn1 regulates transcription elongation in parallel to Ccr4
Begley, Victoria; Corzo, Daniel; Jordán-Pla, Antonio,; Cuevas-Bermúdez, Abel; de Miguel, Maria; Pérez-Aguado, David; Machuca-Ostos, Mercedes; Navarro, Francisco; Chávez, María; Pérez-Ortín, José; Chavez, Sebastian
Nucleic Acids Research (2019)
DOI: 10.1093/NAR/GKZ660
María de la O Leyva-Pérez, Jaime Jiménez-Ruiz, Carmen Gómez-Lama Cabanás, Antonio Valverde-Corredor, Juan B Barroso, Francisco Luque, Jesús Mercado-Blanco
New Phytologist. Volume 217, Issue2, January 2018, Pages 671-686
DOI: 10.1111/nph.14833
Transcriptomic time-series analysis of early development in olive from seed to juvenile tree
Jiménez-Ruíz; Leyva-Pérez, María De La O; I. Vidoy-Mercado; A. Barceló-Muñoz; Luque, Francisco
BMC Genomics, 19(824) 2018
DOI: 10.1186/s12864-018-5232-6
Verónica Martínez-Fernández; Francisco Navarro
AIMS Genetics. 5(1): 63-74 2018
DOI: 10.3934/genet.2018.1.63
Martinez-Fernandez, V.; A.I. Garrido-Godino; Cuevas-Bermúdez A; Navarro F.
Advances in Experimental Medicine and Biology 2018
DOI: 10.1007/978-3-030-00737-9_8
Verónica Martínez-Fernández; Ana Isabel Garrido-Godino; María Carmen Mirón-García; Victoria Begley; Antonio Fernández-Pévida; Jesús de la Cruz; Sebastián Chávez; Francisco Navarro
Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms 1861(1):1-13 (2018)
DOI:10.1016/j.bbagrm.2017.11.002
Genomic and transcriptomic approaches to the identification of key molecular markers and gene variants on phenol content and composition in olive
Entidad Financiadora: Concesión de ayudas a Proyecto de I+D+i en el marco de los programas estatales de generación de conocimiento y fortalecimiento científico y tecnológico del sistema de I+D+i y de I+D+i orientada a los retos de la sociedad. Convocatoria 2020.Ministerio de Ciencia e Innovación
Referencia: PID2020-115853RR-C33
Investigador principal: Francisco Luque Vázquez
Año de inicio: 2021
Presupuesto: 160.000,00 €
Homeostasia del RNA en células eucariotas: control de la transcripción global durante el ciclo celular y papel de la Prefoldina-like BUD27
Entidad Financiadora: Concesión de ayudas a Proyecto de I+D+i en el marco de los programas estatales de generación de conocimiento y fortalecimiento científico y tecnológico del sistema de I+D+i y de I+D+i orientada a los retos de la sociedad. Convocatoria 2020.Ministerio de Ciencia e Innovación
Referencia: PID2020-112853GB-C33
Investigador principal: Francisco Navarro Gómez
Año de inicio: 2021
Presupuesto: 120.000,00 €
Contribución de la cochaperona prefoldin-like Bud27 a la formación de los complejos transcripcionales de la RNA polimerasa III, a su actividad transcripcional y a la composición proteica de la cromatina en Saccharomyces cerevisiae
Entidad Financiadora: Ayudas a la I+D+i, en el ámbito del Plan Andaluz de Investigación, Desarrollo e Innovación, PAIDI
Referencia: PY20_00792
Investigador principal: Francisco Navarro Gómez
Año de inicio: 2021
Presupuesto: 60.000,00 €
Influencia de la prefoldina-like URI/Bud27 en la expresión y en los niveles intracelulares de tRNA y su correlación con el cáncer
Entidad Financiadora: Junta de Andalucía-Universidad de Jaén (Proyecto FEDER-UJA)
Referencia: 1260360
Investigador principal: Francisco Navarro Gómez
Año de inicio: 2020
Presupuesto: 108.000,00 €
Olive genome sequencing
Determine and identify all genes and their possible functions
Comparison between varieties
Identification of genes with commercial interest
Verticillium wilt diagnostic kit
unit members

Francisco Luque Vázquez
Dirección: Edificio B3, despacho 346
- Phone:953212527
- Email:fjluque@ujaen.es
Luque Vázquez
Head of Unit

Francisco Navarro Gómez
Dirección: Edificio B3, despacho 355
- Phone:953212771
- Email:fngomez@ujaen.es
Navarro Gómez
Senior Researcher

María de la O Leyva-Pérez
- Email:maria.leyva@teagasc.ie
Leyva-Pérez
External Collaborator

Moret Sánchez
Researcher
research units
The INUO is structured into Research Units that bring together an amalgamation of researchers, which although they may belong to different subareas of knowledge, the name of each Unit corresponds to the main lines of research characteristic of the Institute and are as follows: